Sound Converter

Es una sencilla utilidad pensada para Gnome que utiliza las librerías Gstreamer para transformar prácticamente cualquier archivo de audio, los formatos soportados son: OGG, MP3, FLAC y WAV.
Gnormalize
Es una aplicación para la conversión de audio basada en GTK+, ofrece opciones de extracción y conversión de audio; es compatible con una amplia serie de formatos, soporta los siguientes formatos de entrada: MP3, MP4, AAC, MPC, OGG, APE, FLAC, Audio CD, WAV y los formatos de salida: MP3, MP4, MPC, OGG, APE, FLAC, WAV.
SoundKonverter
Esta es la opción para aquellas personas que usan KDE, formatos soportados: ogg, mp3, mp2, m4a/mp4, aac, 3gp, mpc/mp+, flac, ape, wma, asf/asx, ra, rv, rm, avi, mpeg, wmv, qt/mov, flv, ac3, au/snd, shn, ofr, ofs, wv, la, pac, spx, wav
OggConvert, WaoN and flac
Los usuarios de GNU/linux siempre contamos con una amplia gama de aplicaciones disponibles para cualquier labor, estas 3 herramientas son para ser usadas mediante la consola, OggConvert sirve para convertir casi cualquier formato de audio a OGG, WaoN y flac son utiles cuando queremos trabajar con MID o FLAC, respectivamente.
SoX o SOnido eXchange
Esta herramienta conocida como la navaja suiza en temas de conversión permite hacer algunas cosas más, como agregar efectos de sonido: horus, dither, flanger, phaser, delay, echo, reverse, fade, gain, repeat, reverb, silence, trim, bend, pitch, stretch y muchos más… Formatos soportados: MP3, MP4, OGG Vorbis, FLAC, WAV, VOX, Amiga, WavPack, VOC, Yamaha y Apple, entre otros.
WinFF

Es un entorno gráfico para el conocido conversor de vídeo FFmpeg, con el que podremos pasar fácilmente y en unos pocos pasos de un formato a otro, la lista de formatos soportada es impresionantemente larga, la pueden consultar acá.
Handbrake
Esta aplicación multiplataforma permite hacer conversiones de video, por ejemplo, convertir de DVD a MP4, MKV, AVI y OGM, ofrece funciones adicionales como la selección de capítulos, poner subtítulos en la imagen, entre otros.
DeVeDe
La anterior aplicación permite convertir de DVD a MP4, esta lo contrario, permite crear video DVDs y CDs, aptos para un reproductor doméstico, a partir de casi cualquier conjunto de archivos de vídeo, en cualquier formato reproducible por Mplayer. La gran ventaja sobre otras utilidades es que sólo depende de Mplayer, Mencoder, DVDAuthor, VCDImager y MKisofs.
Fuente : Makeuseof